总的来说审查员将从以下几个角度来审查一个企业的高新技术企业认定专家评价过程中判断方法：

1.申请书及附件齐全与规范？

2.整体描述是否一致？

3.内容是否统一？

4.各部分的说明是否合理？

5.各部分的逻辑关系是否对应？

但很多申请失败的企业都存在以下问题：

1.核心自主知识产权问题部分企业存在以下问题：

(1)企业取得的专利为实用新型或外观专利，无实质性产品制造工艺发明专利，高新技术含金量不高，无法长时间在一个行业或区域形成核心竞争力。

(2)企业专利取得为外购。企业从高校购买产品专利，个别企业不经过消化吸收直接应用生产，基本没有研发过程。

2.企业人员问题：

(1)科技人员工作时间难确认。企业联合外地科研单位外聘科研人员时，难判断外聘人员能否符合到岗183天的时间要求。

（2)研发人员身份难确认.企业串报材料中有研发人员同时兼企业管理人员。此类人员是否参与研发活动或是具备科研技能？

(3)企业研发人员比例不准确。部分企业申请高新时，瞒报少报生产人员总数，以求研发人员比例达到标准。

(4)企业生产人员的范围不准确。企业申报时是否将未参加社会保险人员算作生产人员纳入高新计算基数，影响企业研发人员的比例是否符合要求。

3.产品销售与发票开具问题：

部分企业存在以下问题：

(1)发票不开具高新产品名称，销售收入归集难。高新技术产品销售开票项目只写统称，仅在规格栏中注明代码，发票对应的销售收入难鉴别是否属于高新产品。

(2)发票、销售明细账上货物名称难确定是否高新产品。部分化工企业申报产品使用专用术名，企业发票、明细张使用通用名，难确定两者是否一致。

(3)产品贴其他企业商标。部分集团性企业，申请新办高新企业时产品商标使用集团企业产品商标，非被单位商标，难确认是否符合规定。

(4)企业总收入范围难确定。总收入范围是否包括其他业务收入、营业外收入在实际执行中认定存在分歧。

(5)销售收入数据不准确。部分企业申报资料中的高新产品销售收入与纳税人日常申报资料数据不一致。

4.研发费用核算归集问题：

《高新技术企业认定管理办法》要求企业的研究开发费用总额占销售收入总额的比例达到一定标准，并实行专账管理。

(1 )研发赛用未单独分开核算和专账管理。大部分企业未在科目设置上单独设置研发费用，也未对研发项目进行相应的费用归集。

(2)研发费用的归集数据不准确。主要表现在研发人员的工资计篡归集不准确，部分企业研发人员年平均工资低于生产工人工资，研发人员工资计算或人数可能有问题。